Krisis ekonomi 1997 telah mengakhiri periode panjang era Orde Baru dan memasuki era reformasi. Aspirasi yang hidup dalam masyarakat, menginginkan komitmen yang kuat terhadap nilai-nilai Hak Asasi Manusia (HAM), tegaknya hukum dan keadilan, pemberantasan KKN, dan demokratisasi, tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), transparansi, dan akuntabel terus didengungkan, termasuk diantaranya tuntutan percepatan otonomi daerah.

Sementara itu globalisasi informasi membuat dunia menyatu tanpa batas, mendorong negara-negara maju (WTO) untuk menjadikan dunia berfungsi sebagai sebuah pasar bebas mulai tahun 2000, serta mengutamakan perlindungan dan penegakam HAM serta demokratisasi. Arus globalisasi juga mengakibatkan semakin sempitnya batas-batas wilayah suatu negara (bordeless countries) dan mendorong semakin meningkatnya intensitas lalulintas orang antarnegara. Hal ini telah menimbulkan berbagai permasalahan di berbagai negara termasuk Indonesia yang letak geografisnya sangat strategis, yang pada gilirannya berpengaruh pada kehidupan masyarakat Indonesia serta bidang tugas keimigrasian. Dalam operasional di lapangan ditemukan beberapa permasalahan menyangkut orang asing yang memerlukan penanganan lebih lanjut. Lingkungan strategis global maupun domestik berkembang demikian cepat, sehingga menuntut semua perangkat birokrasi pemerintahan, termasuk keimigrasian di Indonesia untuk cepat tanggap dan responsif terhadap dinamika tersebut. Sebagai contoh, implementasi kerja sama ekonomi regional telah mempermudah lalu lintas perjalanan warga negara Indonesia maupun warga negara asing untuk keluar atau masuk ke wilayah Indonesia. Lonjakan perjalanan keluar atau masuk ke wilayah Indonesia tentu membutuhkan sistem manajamen dan pelayanan yang semakin handal dan akurat. Tugas keimigrasian saat ini semakin berat seiring dengan semakin maraknya masalah terorisme dan pelarian para pelaku tindak pidana ke luar negeri. Untuk mengatasi dinamika lingkungan strategis yang bergerak semakin cepat, bidang keimigrasian dituntut mengantispasi dengan berbagai peraturan perundang-undangan dan sarana-prasarana yang semakin canggih. Peraturan dan kebijakan keimigrasan juga harus responsif terhadap pergeseran tuntutan paradigma fungsi keimigrasian. Jika sebelumnya paradigma fungsi keimigrasian dalam pelaksanaan Undang Undang Nomor 9 Tahun 1992 lebih menekankan efisiensi pelayanan untuk mendukung isu pasar bebas yang bersifat global, namun kurang memperhatikan fungsi penegakan hukum dan fungsi sekuriti, mulai pada era ini harus diimbangi dengan fungsi keamanan dan penegakan hukum.

Dalam menghadapi masalah dan perkembangan dalam dan luar negeri tersebut, Direktorat Jenderal Imigrasi pada Era Reformasi ini telah melakukan beberapa program kerja sebagai berikut:

a. Penyempurnaan Peraturan Perundang-Undangan

Pemerintah memperbaharui Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992 tentang Keimigrasian. Hal ini berdasarkan beberapa perkembangan yang perlu diantisipasi, yakni: (1) Letak geografis wilayah Indonesia (kompleksitas permasalahan antar negara), (2) Perjanjian internasional/konvensi internasional yang berdampak terhadap pelaksanaan fungsi keimigrasian, (3) Meningkatnya kejahatan internasional dan transnasional, (4) Pengaturan mengenai deteni dan batas waktu terdeteni belum dilakukan secara komprehensif, (5) Pendekatan sistematis fungsi keimigrasian yang spesifik dan universal dengan memanfaatkan teknologi informasi dan komunikasi yang modern, (6) Penempatan struktur kantor imigrasi dan rumah detensi imigrasi sebagai unit pelaksana teknis di bawah Direktorat Jenderal Imigrasi, (7) Perubahan sistem kewarganegaraan berdasarkan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2006 tentang Kewarganegaraan Republik Indonesia, (8) Hak kedaulatan negara sesuai prinsip timbal balik (resiprositas) mengenai pemberian visa terhadap orang asing, (9) Kesepakatan dalam rangka harmonisasi dan standarisasi sistem dan jenis pengamanan dokumen perjalanan secara internasional, (10) Penegakan hukum keimigrasian belum efektif sehingga kebijakan pemidanaan perlu mencantumkan pidana minimum terhadap tindak pidana penyelundupan manusia, (11) Memperluas subyek pelaku tindak pidana Keimigrasian, sehingga mencakup tidak hanya orang perseorangan tetapi juga korporasi serta penjamin masuknya orang asing ke wilayah indonesia yang melanggar ketentuan keimigrasian, (12) Penerapan sanksi pidana yg lebih berat terhadap orang asing yang melanggar peraturan di bidang keimigrasian karena selama ini belum menimbulkan efek jera.