Era Republik Indonesia Serikat merupakan momen puncak dari sejarah panjang perjalanan pembentukan lembaga keimigrasian di Indonesia. Di era inilah dinas imigrasi produk Hindia Belanda diserahterimakan kepada pemerintah Indonesia pada tanggal 26 Januari 1950. Struktur organisasi dan tata kerja serta beberapa produk hukum pemerintah Hindia Belanda terkait keimigrasian masih dipergunakan sepanjang tidak bertentangan dengan kepentingan bangsa Indonesia. Kepala Jawatan Imigrasi untuk pertama kalinya dipegang oleh putra pribumi, yaitu Mr. H.J Adiwinata. Struktur organisasi jawatan imigrasi meneruskan struktur immigratie dients yang lama, sedangkan susunan jawatan imigrasi masih seder hana dan berada dalam koordinasi Menteri Kehakiman, baik operasional-taktis, administratif, maupun organisatoris.

Pada permulaan tahun 1950, sebagai bangsa yang baru merdeka dan masih dalam suasana pergolakan, tentunya sarana dan prasarana penunjang jawatan imigrasi pada saat itu masih sangat terbatas dan sederhana. Kesulitan yang dirasakan sangat mendasar adalah masih sangat sedikitnya putra pribumi yang memahami tugas dan fungsi keimigrasian. Untuk itu, sebagai bagian dari periode transisi, jawatan imigrasi masih menggunakan pegawai berkebangsaan Belanda. Dari 459 orang yang bekerja di jawatan imigrasi di seluruh Indonesia, 160 orang adalah orang Belanda. Peraturan perundang-undangan yang dipakai sebagai dasar oleh jawatan imigrasi RIS adalah masih warisan dari Pemerintah Hindia Belanda, yaitu: (a) Indische Staatsregeling, (b) Toelatings Besluit, (c) Toelatings Ordonnantie.

Dalam masa yang relatif singkat, jawatan imigrasi pada era Republik Indonesia Serikat telah menerbitkan 3 (tiga) produk hukum, yaitu (a) Keputusan Menteri Kehakiman RIS Nomor JZ/239/12 tanggal 12 Juli 1950 yang mengatur mengenai pelaporan penumpang kepada pimpinan bea cukai apabila mendarat di pelabuhan yang belum ditetapkan secara resmi sebagai pelabuhan pendaratan, (b) Undang-Undang Darurat RIS Nomor 40 Tahun 1950 tentang Surat Perjalanan Republik Indonesia, dan (c) Undang- Undang Darurat RIS Nomor 42 Tahun 1950 tentang Bea Imigrasi (Lembaran Negara Tahun 1950 Nomor 84, Tambahan Lembaran Negara Nomor 77).