Era kolonialisasi Hindia Belanda mulai berakhir bersamaan dengan masuknya Jepang ke wilayah Indonesia pada tahun 1942. Namun pada masa pendudukan Jepang hampir tidak ada perubahan yang mendasar dalam peraturan keimigrasian. Dengan kata lain, selama pendudukan Jepang, produk hukum keimigrasian Hindia Belanda masih digunakan. Eksistensi pentingnya peraturan keimigrasian mencapai momentumnya pada saat Indonesia memproklamirkan kemerdekaanya pada 17 Agustus 1945.

Ada 4 (empat) peristiwa penting pasca proklamasi kemerdekaan Republik Indonesia yang terkait dengan keimigrasian, yaitu : (1) Repatriasi APWI dan serdadu Jepang; dalam peristiwa ini ditandai dengan pengangkutan ex APWI dan pelucutan serta pengangkutan serdadu Jepang di Jawa Tengah khususnya, di pulau Jawa dan Indonesia umumnya yang ditangani oleh Panitia Oeroesan Pengangkoetan Djepang (POPDA); (2) Kegiatan barter, pembelian senjata dan pesawat terbang; pada masa Revolusi Kemerdekaan para pejuang sering bepergian ke luar negeri, misal masuk ke Singapore dan Malaysia, masih tanpa paspor; (3) Perjuangan Diplomasi; diawali dengan penyelenggaraan Inter Asian Conference di New Delhi. Dalam kesempatan itu Kementerian Luar Negeri Indonesia akhirnya berhasil mengeluarkan “Surat Keterangan dianggap sebagai paspor” sebagai dokumen perjalanan antar negara yang pertama setelah kemerdekaan bagi misi pemerintah Indonesia yang sah dalam konferensi tersebut. Delegasi Indonesia yang dipimpin oleh H. Agus Salim ikut memperkenalkan “Paspor Diplomatik” pemerintah Indonesia kepada dunia Internasional; dan (4) Keimigrasian di Aceh; Aceh sebagai satu-satunya wilayah Indonesia yang tidak pernah diduduki Belanda, sejak tahun 1945 telah mendirikan kantor imigrasi di lima kota dan terus beroperasi selama masa revolusi kemerdekaan. Pendirian kantor imigrasi di Aceh sejak tahun 1945 adalah oleh Amirudin. Peristiwa cukup penting pada masa ini, Jawatan Imigrasi yang sejak semula di bawah Departemen Kehakiman, pada tahun 1947 pernah beralih menjadi di bawah kekuasaan Departemen Luar Negeri.

Selain itu, untuk mengatasi kevakuman hukum, peraturan perundang-undangan keimigrasian produk pemerintah Hindia Belanda harus dicabut dan digantikan dengan produk hukum yang selaras dengan jiwa kemerdekaan. Selama masa revolusi kemerdekaan ada dua produk hukum Hindia Belanda yang terkait dengan keimigrasian dicabut, yaitu (a) Toelatings Besluit (1916) diubah menjadi Penetapan Ijin Masuk (PIM) yang dimasukkan dalam Lembaran Negara Nomor 330 Tahun 1949, dan (b) Toelatings Ordonnantie (1917) diubah menjadi Ordonansi Ijin Masuk (OIM) dalam Lembaran Negara Nomor 331 Tahun 1949. Selama masa revolusi kemerdekaan lembaga keimigrasian masih menggunakan struktur organisasi dan tata kerja dinas imigrasi (Immigratie Dients) peninggalan Hindia Belanda.